La phytothérapie repose sur l'utilisation de certaines subtances de la plante et pour cela il faut les connaitre, les extraire et les injecter à l'homme. Il faut savoir que l'action que peuvent avoir ces substances sur la plante est différente de l'action qu'elles vont avoir chez l'Homme. En effet, le but premier de la plante est de se protéger et de se reproduire. La plupart des substantes produites sont donc à l'origine créées pour cet usage. Pourtant elles peuvent nous soigner.
Ces substances sont appelées principes actifs. Il en existe plusieurs sortes, les plus connues sont les alcoïdes, les tanins ou encore les hormones vegétales. Chaque sorte de principes actifs a un ou plusieurs but(s) précis. Les hormones, par exemple, sont des biocatalyseurs, cela signifie qu'elles peuvent remplacer une enzyme non fonctionnelle du corps humain qui permet de diviser une molécule du corps (catabolisme) ou d'en regrouper deux (anabolisme). Les tanins, quant à eux, ont un caractère coagulant et les alcaloides ont diverses actions. La diversité de l'action de ces plantes permet à l'Homme de se soigner puisqu'elles agissent sur différentes parties du corps.
Ces principes actifs ont pour la plupart la "vocation" de remplacer les protéines (enzymes) que le corps humain ne fabrique pas ou qu'il fabrique mal. Chaque enzyme possède une forme tridimensionnelle qui definit ce à quoi elle va servir et va agir grâce à cette forme sur une substance complémentaire, à la maniere d'un systeme clefs-serrures. Les principes actifs des plantes vont donc remplacer les enzymes non fonctionnelles et agir sur les récepteurs. Seulement tous les principes actifs n'agissent pas sur tous les récepteurs. C'est aussi pour cela que certaines substances de la plante peuvent avoir des effets nocifs sur l'Homme parfois même mortels puisqu'elles ont la capacité de modifier le fonctionnement du corps humain. La phytothérapie doit donc être précise et nécessite de grandes connaissances, car ceci est très ciblé. Leurs utilisations et administrations doivent donc être réalisées ou conseillées par des spécialistes de cette forme de médecine.